Simulink дає можливість моделювати системи наступними методами: ode45, ode23, ode113, ode15s, ode23s та discrete. Методами по умовчанню є ode45 для безперервних систем та discrete для дискретних систем.
· ode45 базується на явній формулі Рунге-Кутта (4,5), парах Дормунда-Принца. Це одно кроковий метод. Найчастіше це кращий метод використання при “першій” спробі для більшості задач.
· оde23 базується на явній формулі Рунге-Кутта (4,5), парах Богаки і Шампине. Це одно кроковий метод. Він може бути більш ефективним, ніж ode45 при грубій точності і наявності помірної жорсткості.
· ode113 методом Адамса-Вашфорта-Мултона змінного порядку. Він може бути більш ефективним, ніж ode45 при високій точності. Багатокроковий метод.
· оde15s є методом змінного порядку, який базується на формулах чисельного диференціювання. Це найбільш ефективний метод, ніж метод зворотних формул диференціювання. Багатокроковий метод. Коли є проблеми з жорсткістю або метод ode45 дає помилку чи є неефективним, необхідно використовувати метод ode15s.
· ode23s базується на модифікованій формулі Розенброка другого порядку. Так як це одно кроковий метод, то він є більш ефективним, ніж ode15s при грубій точності. Він може вирішити деякі проблеми жорсткості, якщо ode15s неефективний.
· discrete (зі змінним кроком) обирається Simulink, коли він виявляє, що система є дискретною.