Когда не слишком широкий ассортимент изделий выпускается средними партиями, использование гибких производственных систем не всегда приемлемо. Применение FMS имеет смысл только в том случае, когда изготовлению подлежит семейство деталей, обработка которых требует станков одинакового размера, работающих с одинаковой точностью. При этом допустимые отклонения должны быть такими, чтобы их можно было обеспечить при изготовлении деталей на станках с ЧПУ. Разнообразие типов и размеров режущих инструментов не должно выходить за пределы возможностей автоматических устройств смены инструментов. Это ограничение может потребовать определенного уровня стандартизации конструкции изделий, имеющей своей целью сокращение количества инструментов, требуемых для их обработки.
В состав гибких производственных систем включается ряд станков, которые приходят в негодность в разное время. Во многих случаях руководство компаний предпочитает делать более мелкие капиталовложения в частичную замену оборудования, чем вкладывать большие средства в технологию, которая им недостаточно знакома. Гарантировать успех FMS может только долгосрочное планирование на длительный период развития компании. В то же время многие менеджеры склонны принимать краткосрочные решения и ориентировать работу компании на быструю отдачу. Повышенная сложность комплексной автоматизации производства является причиной того, что некоторые компании воздерживаются от внедрения гибких производственных систем. В некоторых случаях ситуация складывается таким образом, что сначала в рамках компании применяются станки с ЧПУ, затем внедряется соединяющая эти станки система выполнения погрузочно-разгрузочных операций и только после этого устанавливается центральный компьютер с соответствующим программным обеспечением, позволяющим координировать действия всей производственной системы.
Концепция гибкой производственной системы представляет собой еще один шаг на пути объединения некоторых производственных операций в общую производственную систему; главным образом это касается погрузочно-разгрузочных операций и операций по обработке изделий, иногда – в сочетании с осуществлением технического контроля. Дальнейшая интеграция достигается посредством использования системы CAD/CAM для разработки базы данных, содержащей информацию о конструкции изделия, а также планы выполнения технологических операций. Еще более высокую степень объединения всех операций в общую систему обеспечивает система комплексного автоматизированного производства.