Осознав, что в ходе психического конфликта совесть может действовать как на сознательном, так и/или на бессознательном уровне, и поняв, что даже те способы, какими психика защищает себя от тревоги, могут быть бессознательными, Фрейд преобразовал свою теорию на языке структурной организации психики. Психические функции были сгруппированы в соответствии с той ролью, которую они играли в конфликте. Трем главным подструктурам психического аппарата он дал название эго, ид и суперэго. Эго включает в себя группу функций, которые ориентируют индивида по отношению к внешнему миру, и является посредником между ним и внутренним миром. В действительности, эго действует как исполнитель влечений, соотнося их требования с должным вниманием к совести и миру реальности. Ид представляет собой общую сумму инстинктивных давлений на психику, в основном сексуальных и агрессивных импульсов. Суперэго - это отколовшаяся часть эго, осадок ранней истории морального воспитания индивида и наиболее важных детских идентификаций и идеальных устремлений. При обычных условиях, нет никакой резкой границы между этими тремя главными компонентами психики. Интрапсихический конфликт, однако, ясно высвечивает отличия и разграничения между ними.
Одна из главных функций эго - защищать психику от внутренних опасностей, то есть, от угрозы прорыва в сознание обремененных конфликтами импульсов. Разница между психическим здоровьем и болезнью зависит от того, насколько хорошо эго может справляться с этой функцией. В своей монографии, Торможение, симптом и тревога (1926), Фрейд уточнил, что ключом к решению этой проблемы является появление неприятного аффективного состояния тревоги, возможно, наиболее частого симптома психоневроза. Тревога служит в качестве сигнала, предупреждающего эго об опасности подавляющей тревоги или паники, которые могут последовать, если вытесненное, бессознательное желание всплывет на поверхность сознания. Будучи предупреждено, эго может применить какую-либо из широкого набора защит для своей защиты. Этот новый взгляд имел далеко идущие следствия как для теории, так и для практики.