Вторая фаза открытий Фрейда состояла в решении загадки сновидения. Мысль о том, что сновидения могут быть поняты, пришла к Фрейду, когда он наблюдал, сколь регулярно они появлялись в ассоциациях его невротических пациентов. Он пришел к пониманию того, что сновидения и симптомы имеют сходную структуру. И те, и другие были конечными продуктами компромисса между двумя наборами конфликтующих сил в психике, между бессознательными сексуальными желаниями детства, ищущими разрядки, и вытесняющей деятельностью остальной психики. При осуществлении этого компромисса, внутренняя цензура изменяла и искажала репрезентацию бессознательных сексуальных желаний, идущих из детства. Этот процесс делает сновидения и симптомы доступными для понимания. Те желания, которые участвовали в формировании сновидений, были связаны с приятными ощущениями, которые дети получают от стимуляции рта, ануса, кожи и гениталий, и напоминают открытые сексуальные действия, типичные для перверсий.
Толкование сновидений было в то же самое время частичной записью собственного самоанализа Фрейда. В нем Фрейд впервые описал эдипов комплекс, возможно, самую поразительную изо всех своих многочисленных идей, призванных нарушить сон мира. Кроме того, в заключительной главе этой работы, Фрейд попытался разработать теорию человеческой психики, которая будет охватывать сновидения, психопатологию, и нормальное функционирование. Центральный принцип этой теории состоит в том, что психическая жизнь представляет собой неослабевающий конфликт между сознательной и бессознательной частями психики. Бессознательные части психики содержат в себе биологические, инстинктивные сексуальные влечения, импульсивно стремящиеся к разрядке. Этим элементам противостоят те силы психики, которые являются сознательными или легко доступными сознанию. Эта часть психики функционирует на логическом, реалистическом, и адаптивном уровне. Так как фундаментальный принцип этой концептуализации психического функционирования был связан с глубиной или “слоем” мысли по отношению к сознанию, эта теория была названа топографической теорией.
В течение следующих 10 лет или около того после публикации Толкования сновидений, Фрейд использовал концепции бессознательного конфликта, детской сексуальности, и эдипова комплекса, для достижения более глубокого понимания психологии религии, искусства, формирования характера, мифологии и литературы.
Эти идеи были высказаны в следующих работах: Психопатология обыденной жизни (1901), Остроумие и его отношение к бессознательному (1905d), Три очерка по теории сексуальности (1905b), и, намного позднее, Тотем и табу (1913).