Используя EXPLAIN, вы можете посмотреть, как именно MySQL выполняет ваш запрос. Это может помочь вам избавиться от слабых мест производительности и других проблем в вашем запросе или в структуре таблиц.
Результат EXPLAIN покажет вам, какие используются индексы, как выбираются и сортируются таблицы и т.д.
Возьмите ваш SELECT запрос (он может быть сложным, с объединениями) и добавьте в начало ключевое слово EXPLAIN. Для этого вы можете использовать phpmyadmin. В результате вы получите очень интересную таблицу. Для примера, пусть я забыл добавить индекс в таблицу, которая участвует в объединении:

После добавления индекса для поля group_id:

Теперь вместо 7883 строк, выбираются только 9 и 16 строк из двух таблиц. Перемножение всех чисел в столбце rows даст число прямо пропорциональное производительности запроса.