Вторым показателем модели стратегического выравнивания является функциональная интеграция. Идея объединения ИТ и бизнес стратегий долгое время высказывалать, как исследователями, так и практиками. Такое измерение учитывает, как решения принятые в области ИТ влияют (способствуют или угрожают) на решения принятые в области бизнеса и наоборот. Однако, большиство современных исследований рассматривают только вопросы интеграции внутренних информационных системных стратегий (информационных системных процессов и инфраструктур) с внутренними организационными требованиями, как реакцию на бизнес-стратегии.
Модель стратегического выравнивания (рис. 1) определяет необходимость уточнять два вида интеграции между обсластями бизнеса и ИТ. Первый вид, называемый стратегической интеграцией, является связующим звеном между бизнес и ИТ стратегией, отражающим внешние компоненты. Говоря конкретней, он разбирается с возможностью функционала ИТ формировать и поддерживать бизнес-стратегию. Эта возможность особенно важна, так как ИТ возникли, как важный источник статегического преимущества компаний. Второй вид, называемый оперативной интеграцией, разбирается с соответствующими внутренними областями, а именно, со связью между организационной инфраструктурой и процессами и ИТ-инфраструктурой и процессами. Этот вид подчеркивает критичность обеспечения внутренней согласованности между организационными требованиями и ожиданиями и возможностью доставки посредством ИС функции.