При санитарно-токсическом определяют степень загрязнения природных ресурсов вредными веществами и влияние этого процесса на человека, животный и растительный мир; а также наличие шумов, аллергенов, пыли патогенных микроорганизмов, неприятных запахов, сажи. Проводится контроль содержания в атмосфере оксидов серы и азота, оксида углерода, соединений тяжелых металлов, проверяется качество водных объектов, степень их загрязнения органическими веществами, нефтепродуктами.
При экологическом определяются изменения в экосистемах (биогеоценозах), природных комплексах в том числе их продуктивность; выявляется динамика запасов полезных ископаемых, водных, земельных и растительных ресурсов.
Биосферный мониторинг осуществляется в рамках глобальной системы мониторинга ОС (ГС МОС) на базе международных биосферных станций, 8 из которых находятся в России.
Санитарно-токсический мониторинг предполагает наличие трех категорий постов наблюдения: стационарные, маршрутные, передвижные. При этом могут выполняться следующие программы наблюдения: полная, неполная, сокращенная.
При выполнении полной программы анализируются все виды вредных веществ, содержащихся в данной зоне,4 раза в сутки: в 100, 700, 1300, 1900.
При выполнении неполной программы анализируются также все виды вредных веществ 3 раза в сутки: в 700, 1300, 1900.
При сокращенной программе проводится анализ 1-2х наиболее неблагоприятно действуюших вредных веществ 2 раза в сутки: в 700 и в 1300.