В процессе вычислений в ряде операций должны участвовать только определенные ПЭ, в то время как остальные ПЭ остаются бездействующими. Разрешение и запрет работы ПЭ могут исходить от контроллера массива процессоров (глобальное маскирование) и реализуются с помощью схем маскирования ПЭ. В этом случае решение о необходимости маскирования принимается на этапе компиляции кода. Решение о маскировании может также приниматься во время выполнения программы (маскирование, определяемое данными), при этом опираются на хранящийся в ПЭ флаг разрешения маскирования F.
При маскировании, определяемом данными, каждый ПЭ самостоятельно объявляет свой статус «подключен/не подключен». В составе системы команд имеются наборы маскируемых и немаскируемых команд. Маскируемые команды выполняются в зависимости от состояния флага F, в то время как немаскируемые флаг просто игнорируют. Процедуру маскирования рассмотрим на примере предложения IF-THEN-ELSE, Пусть х - локальная переменная (хранящаяся в локальной памяти каждого ПЭ). Предположим, что процессорные элементы массива параллельно выполняют, ветвление:
if(х > 0) then <оператор А> else <оператор В>
и каждый ПЭ оценивает условие IF. Т.е. ПЭ, для которых условие х > 0 справедливо, установят свой флаг F в единицу, тогда как остальные ПЭ - в ноль. Далее КМП распределяет оператор А по всем ПЭ. Команды, реализующие этот оператор, должны быть маскируемыми. Оператор А будет выполнен только теми ПЭ, где флаг F установлен в единицу. Далее КМП передает во все ПЭ немаскируемую команду ELSE, которая заставит все ПЭ инвертировать состояние своего флага F. Затем КМП транслирует во все ПЭ оператор В, который также должен состоять из маскируемых команд. Оператор будет выполнен теми ПЭ, где флаг F после инвертирования был установлен в единицу, то есть где результат проверки условия х > 0 был отрицательным.
При использовании схемы глобального маскирования контроллер массива процессоров вместе с командами посылает во все ПЭ глобальную маску. Каждый ПЭ декодирует эту маску и по результату выясняет, должен ли он выполнять данную команду или нет. Глобальные и локальные схемы маскирования могут комбинироваться. В таком случае активность ПЭ в равной мере определяется как флагом F, так и глобальной маской.
Эффективность сетей взаимосвязей процессорных элементов во многом определяет возможную производительность всей матричной системы. Применение находят самые разнообразные топологии сетей.
Поскольку процессорные элементы в матричных системах функционируют синхронно, обмениваться информацией они также должны по согласованной схеме, причем необходимо обеспечить возможность синхронной передачи от нескольких ПЭ-источников к одному ПЭ-приемнику. Когда для передачи информации в сетевом интерфейсе задействуется только один регистр пересылки данных, это может привести к потере данных, поэтому в ряде ВС для предотвращения подобной ситуации предусмотрены специальные механизмы. Так, в системе СМ-2 используется оборудование, объединяющее сообщения, поступившие к одному ПЭ.
В некоторых SIMD-системах, например МР-1, имеется возможность записать одновременно пришедшие сообщения в разные ячейки локальной памяти.
Хотя пересылки данных по сети инициируются только активными ПЭ, пассивные процессорные элементы также вносят вклад в эти операции. Если активный ПЭ инициирует чтение из другого ПЭ, операция выполняется вне зависимости от статуса ПЭ, из которого считывается информация. То же самое происходит и при записи.
Наиболее распространенными топологиями в матричных системах являются решетчатые и гиперкубические. Так, в ILLIAC IV, МРР и СМ-2 каждый ПЭ соединен с четырьмя соседними. В МР-1 и МР-2 каждый ПЭ связан с восьмью смежными ПЭ. В ряде систем реализуются многоступенчатые динамические сети соединений (МР-1, МР-2, GF11).