Компания Sun предприняла значительные усилия для обеспечения совместимости между Java-версиями по мере их появления. Например, Microsoft Internet Explorer, самый популярный браузер с конца 1990х, имел обыкновение загружать собственную JVM для Microsoft по умолчанию. MS JVM имеет ряд дополнительных функций, не входящих в Java, которые, будучи использованы, будут препятствовать выполнению MS JVM-апплетам в среде Sun’s Java (но не наоборот). Sun предъявила Microsoft иск за нарушение прав на товарный знак, так как суть Java заключается в том, что не должно быть никакого собственного расширения и что код должен работать везде. Развитие MS JVM было заморожено до правового урегулирования, оставив многих пользователей с чрезвычайно устаревшими виртуальными Java-машинами. Позже, в октябре 2001 года, MS остановил включение Java в Windows, и в течение ряда лет было оставлено на усмотрение производителей компьютеров устанавливать Java или нет, независимо от операционной системы. Большинство новых машин сейчас поставляется с официальной Sun Java.
Некоторые браузеры (в частности, Netscape) не очень хорошо обеспечивают 100%-ую совместимость, что затрудняет выполнение апплета большинством браузеров (JavaScript может с трудом использоваться для этой цели). Поскольку апплет создает свое собственное главное окно, это не является хорошим решением, так как это оставляет окно браузера в значительной степени бесполезным и приводит к тому, что увеличивается шанс непреднамеренного закрытия апплета пользователем путем закрытия исходного окна браузера.