Задание функций программы ARJ осуществляется с помощью задания кода, команды и режимов. Код команды — это одна буква, она указывается в командной строке сразу за именем программы и задает вид деятельности, который должна выполнить программа. Например,
А — добавление файлов в архив,
Т — тестирование (проверка) архива,
Е — извлечение файлов из архива и т.д.
Для уточнения того, какие именно действия требуются от программы ARJ, можно задавать режимы. Режимы могут указываться в любом месте командной строки после кода команды, они задаются либо с предшествующим знаком «–»: —V, —М и т.д., либо с предшествующим знаком «/»: /V, /М и т.д. (однако в одной командной строке смешивать эти два способа нельзя).