Одним ограничением флэш-памяти является то, что хотя она и может читать или запрограммировать единицу информации типа байт или word за один отрезок времени в выборочном методе доступа, она также должна очистить «блок» за то же время. Стандартно все биты при такой операции в блоке заменяются на 1. Действуя уже с чистой блоком любое место в пределах блока может быть запрограммировано. Однако как только бит станет равным 0, только удаление всего блока заставит его вернуться назад в положение 1. Другими словами, флэш-память (особенно флеш NOR) предлагает выборочный метод чтения и программирования операций, но не может позволить выборочный метод перезаписи или удаления. Хотя место в памяти может быть переписанным до тех пор, пока новые значения нулевых битов является надмножиною перезаписанных значений. Например, число, которое состоит из четырех битов может быть очищен до 1111, тогда записано как 1110. Успешный запись в это число может сменить его на 1010, тогда на 0010, и наконец на 0000. Хотя структура информации в флэш-памяти не может быть обновлена в кардинально простыми путями, она позволяет «удалять» ее члены, обозначая их неверными. Эта техника должна быть несколько усовершенствована для многоуровневых приборов, где одна ячейка памяти держит более, чем 1 бит.
Если сравнивать с винчестером, другим ограничением является тот факт, что флэш-память имеет конечное число циклов записи-удаления (большинство коммерчески доступных флэш продуктов гарантируют выдержать 1000000 программных циклов), поэтому это нужно иметь в виду при перемещении программок, рассчитанных для винчестера (например операционные системы ) на такие носители флэш-памяти, как CompactFlash.
Этот эффект - частичное смещение некоторыми драйверами к файловой системе, которые обсчитывают записи и динамические перемещения блоков, чтобы растянуть операции записи между секторами, или которые обсчитывают подтверждение записи и перемещения, чтобы растянуть сектора в случае неудачного записи.
Цена флэш-памяти остается значительно выше чем соответствующая цена винчестера, и это (вместе со конечностью количества циклов записи-удаления, о которой упомянуто ранее) удерживает флэш-память от того, чтобы стать основной заменой винчестеров на нормальных настольных компьютеров или ноутбуков.