Описать, что происходит внутри процессора во время выполнения прерывания очень просто. Если произошел запрос прерывания, и флаг I в регистре состояния установлен в 1, то адрес следующий команды сохраняется в стеке, а выполнения программы продолжается с адреса, хранящимся в соответствующем векторе прерывания. Когда запрос прерывания получен, и программа перешла по этому вектору (адресу), флаг I сбрасывается в 0, чтобы предотвратить возможность вызова нового прерывания во время обработки текущего прерывания.
Флаг I будет снова установлен в 1 в конце обработчика прерывания, когда выполняется команда возврата RETI. Он также может быть установлен в 1 в процессе обработки (после сохранения контекстовых регистров), чтобы разрешить вложенные прерывания. Средние и старшие модели AVR могут обрабатывать столько вложенных прерываний, на сколько хватит объема стека для хранения содержимого счетчика команд и регистров контекста. Младшие модели имеют ограниченный объем стека (три позиции), который может быстро переполниться при выполнении вложенных прерываний или подпрограмм.