Наступний етап опрацювання матеріалу здійснюють шляхом трансформаційного аналізу, що дає змогу перевірити й підтвердити інтуїтивне припущення, зроблене на основі поставлених запитань. У процесі перетворень уточнюють конкретні значення семантико-синтаксичних відношень, визначають специфіку кожного з них, об’єктивно встановлюють співвідношення наявних семантичних відтінків.
Під трансформацією зазвичай розуміють таке перетворення структури в іншу, за якого похідна структура тотожна вихідній за набором лексем і еквівалентна їй за змістом. Водночас варто відзначити й інший підхід, згідно з яким при всіх або майже при всіх трансформаціях змінюється не лише формальний, але й семантичний спектр речення. Якщо при окремих трансформаціях (активно-пасивних, з’єднання тощо) загальне значення висловлювання справді залишається незмінним і відбувається лише зовнішнє перетворення компонентів ядерної структури, то при трансформаціях іншого типу (наприклад заперечення) важко говорити про повну тотожність „вихідної” і „трансформованої” структур.
Теоретичні засади трансформаційного аналізу закладені в працях американського лінгвіста З. Харріса (поч. 50-х р.р. ХХ ст.), пізніше ця методика лягла в основу породжувальної граматики Н. Хомського. Як зауважує О. О. Селіванова, трансформаційний аналіз практично не використовують як спосіб представлення синтаксичної й семантичної структури речення в сучасному синтаксисі попри те, що означена методика зазнала критичного перегляду, знявши умову незмінності лексичного складу речення і синтаксичних відношень між лексемами. Його застосовують як прийом „демонстрації ознак мовних явищ на підставі їхніх трансформаційних можливостей”. В „Українській мові: Енциклопедії” виокремлено трансформаційний метод і потрактовано його як різновид лінгвістичних досліджень, що формулює правила перетворень (трансформацій) для різних синтаксичних одиниць. Здійснюючи трансформації синтаксичних одиниць, дотримуємося думки, що будь-якій зміні форми відповідає деяка семантична зміна, хоч загальна семантика конструкції повинна залишатися, і кваліфікуємо трансформації як методику дослідження мови і як спеціальний прийом.
У проекції на граматичний лад мови доцільно застосовувати такі трансформації: уведення та опущення деякого елемента (службових частин мови, узагальнювальних та уточнювальних слів), трансформації зі збереженням кількості перетворюваних компонентів, але з деякими змінами, а саме: форми слова, належності до певного класу, перетворення словосполучення в підрядне речення, одного типу складного речення в інший, експліцитні трансформації вихідної структури із семантичним моделюванням предиката тощо.
Отже, застосування методики трансформацій дає змогу підтвердити або спростувати правильність визначення семантичних відтінків, здійсненого за допомогою методики запитань, провести, якщо можливо, подальшу диференціацію значень, а також „розкласти” синкретичні семантико-синтаксичні відношення і в такий спосіб визначити специфіку кожного з відтінків, що водночас є показником відповідності поставлених запитань характерові семантико-синтаксичних відношень.