Радикалы и группы атомов

Органические молекулы часто содержат некоторые функциональные группы, рисовать которые каждый раз заново не рационально. Кроме того некоторые фрагменты сложных формул часто изображают не структурными формулами, а свернутыми (-NO₂, -C₂H₅) или даже условными обозначениями (Et, i-Pr, Ph). Для ввода таких фрагментов в формулы ChemSketch предлагает два инструмента Радикалы и Группы Атомов.

По сути дела это одно и тоже, но если Радикалы вставляются как фрагменты структурных формул, то Группы Атомов - как свернутые формулы или условные обозначения. После вставки группы атомов могут быть развернуты, то есть превращены в радикалы (обратный процесс невозможен).

Для вставки радикала необходимо найти его в таблице радикалов. После щелчка по кнопке выбранного радикала шаблон его структуры прикрепляется к курсору и может быть использован как мгновенный шаблон. Использованный радикал появляется на панели радикалов, что позволяет при следующем использовании не искать его в таблице. Таким образом, чтобы из формулы бензола надо получить формулу м-динитробензола нужно:

1. Выбрать в таблице радикалов шаблон нитрогруппы;

2. Подвести курсор к одному из атомов в формуле бензола и щелкнуть - радикал соединится с этим углеродным атомом;

3. Повторить эту операцию для второго углеродного атома в мета-положении к первому.

I Скопируйте формулу бензола и создайте на ее основе формулу м-динитробензола.

Группа атомов в ChemSketch не очень понятно называется Atom Label ("атомная метка", "атомная этикетка"). Инструмент для редактирования и вставки группы находится на панели Атомы - кнопка Edit Atom Label. Для добавления группы атомов нужно:

1. Щелкнуть по кнопке Edit Atom Label ;

2. Щелкнуть по атому в структурной формуле, который должен быть заменен на группу или по свободному месту страницы рядом с формулой. При этом открывается диалоговое окно Edit Label. В этом окне:

3. Выбрать в имеющемся списке формулу нужной группы атомов или ее условное обозначение, при этом выбранное появляется в окне редактирования;

4. Если нужной формулы нет, ввести ее в окне редактирования, при этом индексы вводятся в строку (специальная кнопка позволяет вводить буквы греческого алфавита);

5. При желании - указать параметры форматирования, которые нужно применить к этой формуле;

6. При желании - сохранить формулу для ее последующего использования, нажав кнопку Save;

7. Нажать кнопку Insert (Вставить);

8. Если группа вставлена рядом с формулой, соединить ее с нужным атомом в формуле, используя инструмент Draw Continuous Иногда при этом нужно поменять порядок атомов в группе с помощью кнопки Change Position.

Чтобы развернуть группу атомов нужно:

1. Щелкнуть по кнопке Edit Atom Label;

2. Щелкнуть по формуле или условному обозначению группы атомов, при этом вновь открывается диалоговое окно Edit Label.

3. В этом окне нажать кнопку Expand (Развернуть)

Кнопка Expand будет отсутствовать, или развернуть группу атомов не удастся, если:

· Группа не соединена с структурой или соединена неверно;

· Формула группы составлена неверно, например с использованием букв русского алфавита вместо латинских;

· Формула слишком сложна или использованы условные обозначения не заложенные в программу.

При составлении и редактировании формул групп атомов можно дополнительно использовать символы:

'~' (тильда) отрицательный заряд
'+' положительнный заряд
'-' одинарная связь (может быть опущено)
'=' двойная связь
'%' (процент) тройная связь
'( )' (скобки) повторяющаяся группа атомов

Если группу атомов снова нужно будет представить в свернутом виде, ее придется вводить заново (или использовать кнопку Отменить.

Есть в ChemSketch и инструмент позволяющий вводить условные обозначения радикалов типа R, R₁ и т.п. - кнопка Radical Labels.

I Скопируйте формулу бензола и введите в нее группу SO₃H, взяв ее из списка групп. Скопируйте формулу нафталина. Создайте новую группу атомов (СН2)2СООМе. Присоедините такие группы в положения 2,7 молекулы нафталина. Разверните группы. Оптимизируйте структуру (Clean Structure).