Apache имеет различные механизмы обеспечения безопасности и разграничения доступа к данным. Основными являются:
- Ограничение доступа к определённым директориям или файлам.
- Механизм авторизации пользователей для доступа к директории на основе HTTP-аутентификации (mod_auth_basic) и digest-аутентификации (mod_auth_digest).
- Ограничение доступа к определённым директориям или всему серверу, основанное на IP-адресах пользователей.
- Запрет доступа к определённым типам файлов для всех или части пользователей, например запрет доступа к конфигурационным файлам и файлам баз данных.
- Существуют модули, реализующие авторизацию через СУБД или PAM.
В некоторых MPM-модулях присутствует возможность запуска каждого процесса Apache используя различные uid и gid с соответствующими этим пользователям и группам пользователей.
Также, существует механизм suexec, используемый для запуска скриптов и CGI-приложений с правами и идентификационными данными пользователя.
Для реализации шифрования данных, передающихся между клиентом и сервером используется механизм SSL, реализованный через библиотеку OpenSSL. Для удостоверения подлинности веб-сервера используются сертификаты X.509.
Существуют внешние средства обеспечения безопасности, например mod_security.