Признание в программных документах инноваций важным инструментом государственной политики не находит своего отражения в структуре бюджетных расходов. Финансовыми приоритетами являются социальные, а также силовые статьи расходов (12,4% и 5,6% в 2009 году, соответственно). Прямые расходы на инновационное развитие в 2009 году составили 1,5% ВВП, а к 2013 году они уменьшатся до 1%. В текущих проектировках долгосрочной перспективы (в период с 2014 по 2020 год) доля инновационных расходов остается практически неизменной – около 1,3% ВВП.
В отличие от стран с развитой инновационной системой недостаточно развита система частно-государственного партнерства в реализации инновационных проектов бизнесом: доля организаций, получающих финансирование из бюджета на эти цели, составляет в России 0,8% (в Германии – 8,8%, в Бельгии – 12,7%). Также недостаточная поддержка оказывается созданию малого инновационного бизнеса. (Объем программ Small Business Innovation Research (SBIR) Program и Small Business Technology Transfer (STTR) Program в США составляет 2 млрд. долл., в России «инновационный» компонент федеральной программы поддержки малого инновационного бизнеса эквивалентен примерно 67 млн. долл., размеры Фонда содействия развитию малых форм предприятий в научно-технической сфере – примерно 113 млн. долл.
Существующая система государственных закупок (как нормативная база, так и сложившаяся практика) пока скорее препятствует доступу инновационной продукции в систему госзаказа.
Отдельной проблемой является неприспособленность системы государственной статистики к целям управления инновационным развитием. Статистические данные, отражающие ключевые параметры инновационного развития, становятся доступными с лагом в несколько лет. Сама структура статистических показателей во многом отражает задачи государственного управления индустриальной эпохи и не вполне соответствует задачам текущего дня. Актуальное представление о состоянии и тенденциях развития в инновационной сфере сегодня можно составить в основном по результатам опросов и обследований, которые проводятся несистематически по инициативе общественных организаций и частных компаний.
Действующее государственное регулирование предпринимательской деятельности в целом и инновационной деятельности в частности пока недостаточно конкурентоспособно в части локализации инновационной активности в стране. Это видно как из различного рода рейтингов инвестиционного климата, комфортности ведения бизнеса, «высоты» административных барьеров (интегральный рейтинг Doing Business (Ведение бизнеса): Россия в 2010 году на 130 месте из 183; Индекс глобальной конкурентоспособности Всемирного экономического форума: Россия в 2010 г. на 63 месте из 133), так и из показателей официальной статистики по созданию новых предприятий (рост количества предприятий с 2005 по 2009 год темпом 2% в год). Качество налогового и таможенного регулирования и администрирования по отношению к инновационному бизнесу заметно улучшилось, но их фискальная составляющая продолжает превалировать над стимулирующей. В целом выросла нагрузка по налоговым и неналоговым платежам на бизнес по результатам перехода от ЕСН к страховым платежам, и эта нагрузка в большей степени ляжет именно на инновационные сектора и виды деятельности, в которых более высокий вклад человеческого капитала по сравнению с «сырьевыми» секторами.
При этом в системе государственного управления хоть и недостаточно быстро, но внедряются инновации – безбумажные технологии, предоставление государственных услуг в электронной форме, «электронное правительство».