Разрешение/запрещение интерфейса JTAG осуществляется при помощи конфигурационной ячейки JTAGEN. Если она не запрограммирована (1), то выводы ТАР работают как обычные контакты портов ввода/вывода, а ТАР-контроллер находится в состоянии сброса. Для включения интерфейса ячейка JTAGEN должна быть запрограммирована (состояние по умолчанию). Кроме того, должен быть сброшен бит JTD регистра MCUCSR или MCUCR (рис. 9.5). Причем, для изменения состояния этого бита новое значение необходимо записать в него дважды в течение четырех тактов.
Описанный механизм позволяет использовать выводы ТАР как в качестве контактов портов ввода/вывода при нормальном функционировании микроконтроллера, так и в качестве выводов собственно порта JTAG при программировании кристалла. Разумеется, этот механизм не применим в том случае, если порт JTAG используется для отладки или тестирования.

Рис. 9.5. Регистры MCUCSR/MCUCR применительно к интерфейсу JTAG