Чтобы предотвратить свое обнаружение, многие вирусы применяют довольно хитрые приемы маскировки.
Многие резидентные вирусы предотвращают свое обнаружение тем, что перехватывают обращения операционной системы к зараженным файлам и областям диска и выдают их в исходном (незараженном) виде. Такие вирусы называются невидимыми, или stealth вирусами. Разумеется, эффект «невидимости» наблюдается только на зараженном компьютере – на «чистом» компьютере изменения в файлах и загрузочных областях диска можно легко обнаружить. Некоторые антивирусные программы могут обнаруживать «невидимые» вирусы даже на зараженном компьютере. Для этого они выполняют чтение диска, не пользуясь услугами DOS. Примером таких программ могут послужить Adinf фирмы «Диалог-Наука», Norton AntiVirus и др.
Вирусы часто содержат внутри себя различные сообщения, что позволяет заподозрить неладное при просмотре содержащих вирус файлов или областей дисков. Чтобы затруднить свое обнаружение, некоторые вирусы шифруют свое содержимое, так что при просмотре зараженных ими объектов никаких подозрительных текстовых строк пользователь не увидит.
Еще один способ, применяемый вирусами для того, чтобы укрыться от обнаружения - модификация своего тела. Это затрудняет нахождение таких вирусов программами-детекторами – в теле таких вирусов не имеется ни одной постоянной цепочки байтов, по которой можно было бы идентифицировать вирус. Такие вирусы называются полиморфными, или самомодифицирующимися. Имеются программы-детекторы, способные обнаруживать полиморфные вирусы, например, Dr.Web фирмы «Диалог-Наука».