В декабре 1991 года принят Закон РФ «Об охране ОПС». В это же время были приняты другие законодательные и правовые документы на уровне РФ и Оо, в частности, Устав (основной Закон) области, в котором обозначены приоритетные статьи по вопросам охраны природы, а также введение элементов платного природопользования. Правовой основой природоохранной деятельности в Оренбуржье в настоящее время являются ст. 58 и 72 Конституции РФ (1993 г.). В начале 90-х годов в Оо создаются отделы управления и департаменты охраны ОС, входящие в структуру органов исполнительной власти. В 1992 году администрацией области образовано Управление экологии и природопользования (в настоящее время - комитет по природоохранной деятельности и мониторингу ОС). Цель работы комитета - разработка основных направлений экологической и природоохранной деятельности в области.
В 1995-1996 годы решением Правительства ОО создана система экологического и социально-гигиенического мониторинга области.
8 июля 1996 г. постановлением Правительства РФ № 658 была утверждена федеральная целевая программа «Оздоровление экологической обстановки и населения Оо в 1996-2000 годах». Программа является важнейшим нормативным документом, определяющим природоохранную деятельность в области. Ориентирована на решение двух задач: - предотвращение наносимого природе ущерба, посредством снижения выбросов и сбросов вредных веществ в ОС; ликвидация последствий ущерба, наносимого здоровью людей и ОС. Анализ состояния природной среды даёт основание характеризовать территорию области как зону со сложной, а местами кризисной, экологической обстановкой. Особенно неблагополучное состояние ОС наблюдается в гг. Орске, Новотроицке, Медногорске, Оренбурге и Кувандыке. По величине техногенной нагрузки в Оо можно условно выделить три зоны. Первая зона – северо-западные, западные и юго-западные районы области, где размещаются основные предприятия нефтедобывающей промышленности, которым в постоянное пользование отведено 7,7 тыс. га земель. Разведка, разработка и эксплуатация месторождений сопровождаются загрязнением почв нефтепродуктами, побочно происходит засоление почв в результате излияния высокоминерализованных вод из скважин.Вторая зона характеризуется интенсивным развитием предприятий газодобывающей промышленности, в постоянное пользование которым отведено около 3 тыс. га земель. Основные коммуникации ГП «Оренбурггазпром» (месторождения, промплощадки, трассы трубопроводов) расположены на землях Оренбургского, Илекского и Переволоцкого районов. Третья зона расположена в восточной части области. Здесь размещены крупные промышленные центры области, горнорудная промышленность, металлургическое производство. За предприятиями зоны в настоящее время числится около 4 тыс. га нарушенных земель. По объемам выбросов вредных веществ область находится среди регионов России с наибольшими объемами выбросов (более 500 тыс.т. Объем выбросов промышленными предприятиями области за период 1990-1999 гг. в атмосферу колеблется в пределах 1051- 1436 тонн химических веществ в год, в т.ч. Данные вещества образуют токсичные соединения (двуокись серы и сероводород, фтористый водород и фториды и др). Загрязнение почвы твердыми промышленными отходами с содержанием никеля, хрома, мышьяка составляет (1,2 млрд т/год). Наиболее интенсивное загрязнение земель установлено в районах Орско-Новотроицкого, Гайского и Медногорского промузлов. Основными загрязнителями ОПС являются предприятия цветной и черной металлургии, химической и нефтехимической промышленности, энергетики, машиностроения и транспорта. Многолетняя хозяйственная деятельность на территории Оо привела к накоплению отходов различной природы. Согласно официальным данным, на объектах хранения и захоронения накоплено 1 393 392 тыс. т промышленных отходов, 13 152 тыс. т твердых бытовых отходов и 4500 тыс. т сельскохозяйственных отходов. Научные исследования в области экологического мониторинга в Оренбуржье.-Разработка принципов сохранения биологического и геосистемного разнообразия на территории Оо (животный и растительный мир);.-Разработка и издание Красной Книги животных и растений Оо; Разработка Красной Книги почв и кадастра почвенных эталонов Оо.Комплексное управление качеством воздушной среды в промышленных центрах Оренбуржья; Комплексная эколого-гигиеническая оценка состояния природной среды городов Орска, Новотроицка, Медногорска, Кувандыка, Гая; Оценка степени загрязнения территорий Оо вредными компонентами; ОГУ,. Составление карты деградационных процессов на землях Оо и мероприятия по их устранению; Изучение экологического состояния сельхозугодий в промышленных зонах области и его влияния на чистоту продукции животноводства; Разработка федеральной целевой программы «Экологическая безопасность Урала»; Разработка паспортов и охранных обязательств памятников природы;
