Выявление и ликвидация неизвестных вирусов необходимы для защиты от вирусов, пропущенных на первом уровне антивирусной защиты. Наиболее эффективным методом является контроль целостности системы (обнаружение изменений). Данный метод заключается в проверке и сравнении текущих параметров вычислительной системы с эталонными параметрами, соответствующими ее незараженному состоянию.
Для реализации указанных функций используются программы, называемые ревизорами. Работа ревизора состоит из двух этапов: фиксирование эталонных характеристик вычислительной системы (в основном диска) и периодическое сравнение их с текущими характеристиками.
Ревизоры обеспечивают высокий уровень выявления неизвестных компьютерных вирусов, однако они не всегда обеспечивают корректное лечение зараженных файлов. Для лечения файлов, зараженных неизвестными вирусами, обычно используются эталонные характеристики файлов и предполагаемые способы их заражения.
Разновидностью контроля целостности системы является метод программного самоконтроля, именуемый вакцинацией. Идея метода состоит в присоединении к защищаемой программе модуля (вакцины), контролирующего характеристики программы, обычно ее контрольную сумму.
Помимо статистических методов контроля целостности, для выявления неизвестных и маскирующихся вирусов используются эвристические методы. Они позволяют выявить по известным признакам (определенным в базе знаний системы) некоторые маскирующиеся или новые модифицированные вирусы известных типов.