Главный недостаток квадродеревьев состоит в том, что почти невозможно сравнить два изображения, которые отличаются, например, лишь поворотом. Это обусловлено тем, что квадродеревья, представляющие такие изображения являются абсолютно различными. Алгоритмы поворота квадротомированного изображения ограничиваются лишь поворотами на углы, кратные 90 градусам. Повороты на любые другие углы невозможны. Хотя квадродеревья имеют массу плюсов в Геоинформационных-приложениях, их распространение в других областях сдерживается их недостатками. Большинство проблем связано именно с тем, что при повороте изображения для него приходится заново перестраивать квадродерево. При этом сопоставление квадродеревьев исходного и повернутого изображений становится весьма сложной задачей. Вследствие этого применение квадродеревьев, например, в геометрическом анализе форм и распознавании образов остается достаточно узким.
Рис. 6: Исходное и повернутое изображения, различные квадродеревья
