Когда сервер проработает какое-то время, выполните инструкцию SHOW STATUS, чтобы узнать его производительность. Сравните значения показателей Key reads и Key_read_requests. Их соотношение будет очень низким, если программа MySQL часто пользуется индексным буфером. В случае необходимости попытайтесь повысить размер буфера.
Проследите изменение показателя Open tables, сравнивая его со значением серверной переменной table cache, которое можно узнать с помощью инструкции SHOW VARIABLES. Когда табличный буфер заполняется, программа MySQL вынуждена закрывать одни таблицы, чтобы открывать другие. Показатель Opened tables отражает число таблиц, открывавшихся с момента запуска сервера. Сравните его с общим числом запросов (показательQuestions). Чем больше будет размер табличного буфера, тем реже придется открывать и закрывать таблицы.
Серверная переменная thread_cache_size задает размер кэша потоков. Как правило, на каждый процессор должно приходиться два потока. Сравните показатели Threads_created и Connections, чтобы определить, как часто серверу приходилось повторно использовать потоки.
Просмотрите еще раз список переменных демона mysqld. Есть много разных буферов и кэшей, увеличение размера которых способно повысить производительность сервера. После изменения конфигурации обязательно проведите повторные замеры.