В некоторых СУБД поддерживаются выделенные файловые системы. Такая файловая система инсталлируется в собственный дисковый раздел, и лишь СУБД знает, как ее использовать. Сервер берет на себя выполнение всех функций файловой системы, тогда как обычно они предоставляются самой операционной системой. Теоретически это способствует повышению производительности.
Тем не менее, MySQL не позволяет записывать базы данных в выделенные разделы, так как изоляция от операционной системы не стоит незначительного выигрыша производительности. Современные операционные системы обладают гораздо большей производительностью, чем раньше, в основном из-за того, что они способны кэшировать дисковые блоки в оперативной памяти. Если бы программе MySQL пришлось выполнять эти функции в обход операционной системы, то тогда память, используемая для кэширования, тоже стала бы выделенной, а объем общедоступной оперативной памяти уменьшился бы.
Управление файлами в рамках операционной системы имеет свои преимущества. Во-первых, разработчики системы проделывают огромную работу по отладке соответствующих функций, а во-вторых, появляется возможность пользоваться стандартными утилитами обработки файлов. Создать резервную копию базы данных MySQL можно с помощью обычной утилиты tar, а не специализированной программы. Выделенные файловые системы требуют целого набора управляющих утилит, в частности для проверки и восстановления файлов. Всего этого нет в MySQL.