Фреймы скрывают адрес страницы, на которой находится посетитель, и всегда показывают только адрес сайта. По этой причине понравившуюся страницу сложно поместить в закладки браузера.
Несовместимость с разными браузерами
Параметры фреймов обладают свойством совершенно по разному отображаться в различных браузерах. Причём противоречие между ними настолько явное, что одни и те же параметры интерпретируются браузерами совершенно по-своему.
Непрестижность
Весьма странный недостаток, который не имеет никакого отношения к техническим особенностям создания сайта, а носит скорее идеологический характер. Сайты с фреймами считаются несолидными, а их авторы сразу выпадают из разряда профессионалов, которые никогда не используют фреймы в своих работах. Исключение составляют чаты, где без фреймов обойтись хотя можно, но достаточно хитрыми методами, а с помощью фреймов создавать чаты достаточно просто.
Надо отметить, что некоторые приведённые недостатки вполне обходятся. Так, с помощью скриптов можно сделать, что открытый в браузере отдельный документ формируется со всей фреймовой структурой. Поисковые системы также уже лучше индексируют фреймовые документы, чем это было несколько лет назад.