JavaScript не может читать/записывать произвольные файлы на жесткий диск, копировать их или вызывать программы. Он не имеет прямого доступа к операционной системе.
Современные браузеры могут работать с файлами, но эта возможность ограничена специально выделенной директорией — песочницей. Возможности по доступу к устройствам также прорабатываются в современных стандартах и, частично, доступны в некоторых браузерах.
JavaScript, работающий в одной вкладке, почти не может общаться с другими вкладками и окнами. За исключением случая, когда он сам открыл это окно или несколько вкладок из одного источника (одинаковый домен, порт, протокол).
Есть способы это обойти, и они раскрыты в учебнике, но для этого требуется как минимум явное согласие обеих сторон. Просто так взять и залезть в произвольную вкладку с другого домена нельзя.
Из JavaScript можно легко посылать запросы на сервер, с которого пришла страничка. Запрос на другой домен тоже возможен, но менее удобен, т.к. и здесь есть ограничения безопасности.
