Признавая, что ни он сам, ни Хонда не могли бы преуспеть в типичной "пирамидальной" организации, г-н Фуджисава разработал оригинальную организационную схему, получившую известность как "экспертная система" Honda Motors. При такой системе творческим людям - экспертам, специалистам -предоставлялась возможность полностью себя реализовать и получать за это соответствующее вознаграждение. Фуджисава хотел создать такую горизонтальную организацию, в которой способный человек не зависел бы от своего непосредственного начальника. По словам одного из специалистов научно-исследовательского отдела Honda, в этой компании сколь угодно много людей могли занять высшие инженерные должности исключительно на основании их профессиональных, "экспертных" качеств.
В созданной Фуджисавой организации существовало уникальное отношение к фундаментальным исследованиям. Особая роль отводилась технологическому осмыслению проектов - часто абсолютно некоммерческих. Деятельность производственных отделений строго регулировалась. Инженерные подразделения, полностью независимые от исследовательских, основное внимание уделяли опытно-конструкторским разработкам.