Основной и практически единственный язык программирования использовавшийся для разработки игр — ассемблер, некоторые счастливчики писали на С, если могли достать компилятор. Но даже в этом случае, некоторые фирмы не покупали у Nintendo ассемблер а писали свой собственный. Чем это было вызвано сказать тяжело, но многие источники говорят о том, что в первые годы существования NES Nintendo не делилась своими инструментами со сторонними разработчиками.
Процессор, который использовался в NES, также имелся и в компьютерах вроде Apple 2 или Commodore 64, для которых были и свои ассемблеры и даже компиляторы С. Но архитектура NES все же имела некоторые отличия, а дикие системные ограничения и наличие банкинга(необходимости выгружать старые и загружать новые куски программного кода в область доступную процессору) не давали возможности писать на С игры, которые бы использовали максимум возможностей консоли.
Ассемблер — далеко не единственная вещь, которую приходилось писать вручную: редакторы графики, программаторы, отладчики: все это было написано по несколько раз заботливыми руками программистов. Отдельной статьей можно считать редакторы карт — следует помнить, что компьютеры были слабы и малопамятны, так что, например, вся карта для Metroid была нарисована вручную на бумаге, а потом уже кусками кодировалась в игру.