Спецификации NES-картриджа до сих пор могут быть найдены в интернете, и, вообще, довольно подробно разобраны сообществом. Но сам процесс производства картриджей — это тайна покрытая мраком. Более менее достоверно известно что на территории Европы и США выпуском картриджей занималась исключительно Nintendo. В смысле, самих коробочек с микросхемами.
Набор микросхем увеличивался с годами, так что можно сказать, что с точки зрения разработчика спецификация самой консоли менялась, хотя менялись на самом деле картриджи. Эта особенность позволила NES быть популярной столь долгое время, конкурируя с другими игровыми приставками.
Каждый разработчик должен был явно указывать в заголовке скомпилированной игры(ROMа) перечень функций NES, которые будут использованы игрой. Некоторые функции поддерживались «обычными» картриджами — например маппер памяти, а вот за наличие сохранения или лишней оперативной памяти приходилось доплачивать Nintendo, чтобы та включила заветные чипы в ваш будущий картридж.
В Японии были компании, которые сами занимались изготовлением картриджей, попутно добавляя в них собственные уникальные чипы, создававшиеся под одну конкретную игру. Впоследствии подобные вещи в себе съели немало нервных клеток у тех, кто создавал эмуляторы NES, пытаясь заставить работать в своем детище и такие игры.
Архитектура картриджей подразумевала что сама программа и графические спрайты находятся в разных чипах. Вот например фотография картриджа Super Mario Bros.

В тех картриджах, что продавались у нас, подобные чипы использовались обычно только в тех, что шли вместе с консолью, и то не всегда. В пиратских картриджах использовались черные кляксы вместо чипов, скорее всего это были те же схемы, но изготовленные по другой технологии. По какой? Думаю в комментариях вы найдете ответ на этот вопрос.