Файлы хранятся в системе вложенных каталогов (директорий) и организуются в файловую систему. Таким образом, файловой системой называется совокупность файлов и каталогов, организованных в древовидную структуру. Ее можно представить как перевернутое вверх корнем дерево (более точный образ - куст у которого от корня идет сразу множество ветвей, а не один ствол). Узлами, из которых расходятся "ветви", являются каталоги, восходящие, в конечном счете, к корневому каталогу. Узлам, из которых не происходит дальнейшего ветвления, как правило, соответствуют файлы, хотя это могут быть и пустые каталоги (см. дерево ниже).

Каталог лишь содержит список файлов, с указанием их имен и других атрибутов. По сути, каталог - это специализированный файл, назначением которого является хранение списка отнесенных к нему файлов (в том числе и подкаталогов, которые, как и все каталоги - тоже файлы). "Пустая" файловая система состоит только из корневого каталога.