Программы на языке JavaScript можно вставить в любое место HTML при помощи тега SCRIPT:
<html>
<body>
<p>Начало документа</p>
<script>
alert('Привет, Мир!')
</script>
<p>Конец документа</p>
</body>
</html>
Элемент <script>также имеет необязательные атрибуты:
<script type=...> - указывает тип скрипта, например <script type="text/javascript">
<script language=...> - указывает язык скрипта, например <script language="text/javascript">
Иногда рекомендуется использовать HTML-комментарии внутри SCRIPT, чтобы спрятать Javascript от браузеров, которые не поддерживают его:
<html>
<body>
<p>Начало документа</p>
<script type="text/javascript"><!--
alert('Привет, Мир!')
//--></script>
<p>Конец документа</p>
</body>
</html>
Если JavaScript-кода много то его выносят в отдельный файл, который подключается в HTML:
<script src="/path/to/script.js"></script>
Важный плюс выноса скриптов в отдельный файл - кеширование. Один и тот же скрипт обычно используется на множестве страниц. В этом случае браузер скачает его только первый раз, и в дальнейшем, при правильной настройке сервера, будет брать из своего кеша.