Существует три различных способа использования Simulink-а. Способ наиболее удобного диалога - управлять моделированием с помощью меню и наблюдать поведение системы на индикаторе. Этот метод просто использовать, быстро изучить и можно получить первые результаты. Такой способ работа наиболее полезен при первоначальном создании и отладке системы.
Второй способ - использовать функции моделирования и анализа при помощи командной строки. Этот метод не имеет такого удобного интерфейса как первый, но обеспечивает большую гибкость. Получение результатов моделирования в рабочем пространстве Matlab-а позволяет в дальнейшем анализировать и наглядно представлять данные, используя встроенные графические средства Matlab-а.
Самый сложный и универсальный способ использовать Simulink - непосредственный доступ к S- функции модели. Каждая модель Simulink-а доступна в Matlab-е как S- функция, которая описывает динамическое поведение системы. Каждая S- функция имеет такое же имя, как и соответствующая модель. S- функция может вызываться целым рядом способов, чтобы предоставить различную информацию о модели, которую она представляет.
S- функция может обеспечить информацию о числе входных и выходных сигналов, структуре ( непрерывной или дискретной) модели, о производных, о выходных сигналах. Все средства анализа предусмотренные Simulink-ом взаимодействуют с моделями через S - функции. M- файлы linmod и trim - это примеры программ, которые используют эти функции.
Эти три способа использования не исключают друг друга и не имеют четкой границы (в смысле применения). Различное применение обычно соответствует различным стадиям разработки модели.