В настоящее время при формировании организационных структур управления в России считается целесообразным использовать четыре основных метода. Метод аналогииприменяется при разработке на основе анализа передовых типовых структур управления для предприятий, функционирующих в сходных условиях. Экспертный метод основан на изучении предприятия, определении его наиболее существенных особенностей, «узких мест» в работе аппарата и разработке рекомендаций на основе мнений экспертов, а также на обобщении результатов передовой практики в области организации управления. Метод структуризации целей — разработка системы целей предприятия и ее последующее совмещение с разрабатываемой структурой. Следовательно, структура базируется на основе системного подхода, анализа и обоснования вариантов ее построения и функционирования.
Актуален также метод организационного моделирования, в рамках которого осуществляется разработка формализованных математических, графических и машинных описаний распределения полномочий и ответственности на предприятии, чтобы на основе четко сформулированных критериев оценить степень рациональности разных вариантов организационных решений.
