В серверах электронной почты используются стандартизированные протоколы SMTP (Simple Mail Transfer Protocol — простой протокол передачи писем), РОРЗ (Post Office Protocol — протокол почтовой службы, версия 3) и IMAP (Internet Message Access Protocol — протокол доступа к сообщениям Internet), последняя версия которого — IMAP4.
Сервер SMTP обычно используется для отправки электронных писем. После того как пользователь набрал и подготовил письмо в своей клиентской программе электронной почты, оно передается на сервер SMTP провайдера, который передает его в Internet, используя TCP/IP.
В операционной системе UNIX в качестве сервера SMTP популярна программа Sendmail. Многие компании устанавливают в своих локальных сетях внутренние почтовые серверы (например, Exchange Server), которые маршрутизируют внутреннюю корреспонденцию на локальные принимающие компьютеры или направляют письма провайдеру, если заданный адрес находится вне локальной сети.
Серверы POP принимают электронные письма, адресованные на конкретную учетную запись (например, на deb@shinder.net), и хранят их в специальном каталоге, который называется почтовым ящиком. Когда клиент РОРЗ устанавливает с сервером соединение, корреспонденция выгружается на жесткий диск его компьютера. Обычно на сервере она при этом одновременно удаляется, хотя можно конфигурировать сервер на сохранение копии письма.
Серверы IMAP тоже принимают электронные письма, однако это более изощренные серверы, чем POP. На сервере IMAP клиент может просмотреть заголовки пришедших по его адресу писем и решить, какие из них нужно выгрузить. Остальные письма он может удалить, не выгружая на свой компьютер.
Наибольшее распространение получили почтовые серверы Microsoft Exchange, Netscape Messaging Server, Post Office, Sendmail, SLmail, IMail и M Daemon.