Изменения настроек средств защиты в соответствии с утверждёнными заявками на изменение полномочий пользователей осуществляется специалистами, системными администраторами и администраторами безопасности, отвечающими за эксплуатацию соответствующих подсистем (комплексов задач).
Внесение изменений в конфигурацию аппаратно-программных средств подсистемы (в том числе при снятии задач с эксплуатации и при передаче аппаратных средств в ремонт) осуществляется специалистами подразделений эксплуатации и технического сопровождения на основании утверждённых и согласованных с подразделением обеспечения безопасности ИТ заявок (заданий) от руководителей операционных подразделений в строгом соответствии с «Инструкцией по установке, модификации и техническому обслуживанию программного обеспечения и аппаратных средств автоматизированной системы организации».
В экстренных случаях (в кризисных ситуациях) специалисты подразделений эксплуатации и технического сопровождения руководствуются Планом обеспечения непрерывной работы и восстановления (ПОНРВ).
Конечные пользователи (специалисты операционных подразделений) при работе с АС руководствуются своими должностными инструкциями и инструкцией пользователям по вопросам обеспечения безопасности ИТ.
Правильность функционирования и настройки системы защиты периодически контролируется специалистами подразделений эксплуатации (системными администраторами), а также специалистами подразделения обеспечения безопасности ИТ (администраторами информационной безопасности).