Управление торговых огрничений валютного и экспортного контроля.
Управление ТН;
Управление таможенных расследований и дознаний;
Управление таможенной статистики и анализа;
Управление таможенной инспекции;
Управление таможенного сотрудничества;
Управление собственной безопасности;
Управление правового обеспечения законопроектной деятельности;
Управление по связям с общественностью;
Управление делами;
Управление по кадрам;
РТУ организации силового обеспечения;
Правовое управление;
Контрольно-ревизионное управление;
ГФинансовое экономическое управление;
ГУ федеральных таможенных доходов и тарифного регулирования;
ГУ тылового обеспечения;
Главное управление по борьбе с контрабандой;
Главное управление организации таможенного оформления и ТК;
Главное управление ИТ;
Аналитическое управление;
Главное организационно-инспекторское управление;
РТУ содержит отделы с аналогичными названиями и функциями. (Дальневосточное; Приволжское; Центральное; Северо-Западное;Сибирское; Южное; Уральское).
Таможни центрального подчинения подчиняются непосредственно ФТС: Внуковская; Домодедовская; Центральная; Кинологический центр; Центральная акцизная; Центральная базовая; Центрально энергетическая; Шереметьевская таможни.
Таможни (всего 110). На 2010 год в России было 588 таможенных постов, 1063 СВХ.
ПТУ базируется в Нижнем Новгороде. Нижегородская таможня подчиняется ПТУ и распологается в Нижнем Новгороде. Улица Сибирская дом №2. Подчиняются таможне посты: Выксунский; Аэропорт; Кстовский; ГАЗ; Дзержинский; Чувашский; Кировский. Таможня имеет 30 СВХ в штате таможни и её постов содержалось 592 ставки.