Проектування та раціоналізація діючих організаційних структур управління можуть відбуватися лише на чітко науковій методологічній основі, якою є система принципів формування організаційних структур управління. Розглянемо такі принципи:
1) єдності мети, що передбачає наявність чітко сформульованої мети або цілей організації;
2) первинності функцій і вторинності структури: побудова організаційної структури має базуватися на наявності складу та змісту функцій управління;
3) функціональної замкненості підрозділів апарату управління: коло завдань для кожного структурного підрозділу має бути чітко орієнтованим на досягнення мети управління з відповідної функції;
4) простоти організаційної структури: чим простіше та чіткіше побудовано структуру управління, тим легше персоналові зрозуміти і пристосуватися до певної форми управління й активно брати участь у реалізації мети організації;
5) єдності розпорядництва: працівник повинен отримувати накази лише від одного начальника;
6) визначення оптимальної норми керованості: чисельність підлеглих, підпорядкованих одному керівникові, має бути обмеженою;
7) установлення оптимального співвідношення централізованих і децентралізованих форм управління: в усіх організаціях є певний рівень децентралізації, оскільки абсолютна централізація практично неможлива;
8) зворотного зв'язку, допомогою якого забезпечується можливість здійснення постійного контролю за результатами функціонування системи та створюються умови для її корегування;
9) відповідності, згідно з яким обсяг повноважень має відповідати делегованій відповідальності.