Проект FreeBSD народився на початку 1993 року, відокремившись від неофіційної версії системи 386BSD Patchkit. Група складалася принаймні з трьох координаторів: Нейта Уільямса (Nate Williams), Рода Граймса (Rod Grimes) і Джордана Хаббарда (Jordan Hubbard).
Спочатку до їхніх планів входило лише "заморозити" 386BSD у її поточному стані й зафіксувати проблеми, які механізм patchkit вже не здатен був подолати. На ранній стадії проект так і називався — "386BSD 0.5", чи "386BSD Interim", що означає “тимчасовий”.
Перший дистрибутив системи FreeBSD 1.0 на СDRомі й у мережі було випущено у грудні 1993 року. Він базувався на системі 4.3BSD-Lite ("Net/2") tape, створеній в Каліфорнійському університеті в Берклі, з багатьма компонентами, наданими 386BSD й Free Software Foundation. Нова система мала чималий успіх — і група продовжила роботу над удосконалюванням проекту. В травні 1994 року було випущено нову версію системи — FreeBSD 1.1.
Потім група розпочала здійснення важкої задачі: в прямому розумінні відродити FreeBSD з абсолютно нової й незавершеної системи 4.4BSD-Lite. "Lite"-випуски були насправді полегшеними, тому що група CSRG у Берклі вилучила великі фрагменти коду (враховуючи різні й цілком законні вимоги). Окрім цього, слід взяти до уваги, що перенесення 4.4 на Intel було надто недосконале. До грудня 1994 року проект займався своїм переміщенням, і в січні 1995 року було випущено версію FreeBSD 2.0 у мережі й на CDROM. Незважаючи на те, що нову версію не було перевірено, вона мала шалений успіх. Робота тривала — й у червні 1995 року було випущено наступну версію FreeBSD 2.0.5, яка була більш стійка і простіша в установленні.
У серпні 1996 року група випустила версію FreeBSD 2.1.5, котра відразу стала вельми популярною серед провайдерів Internet і компаній, котрі випускають комерційні продукти. Версія FreeBSD 2.1.7.1, випущена в лютому 1997 року, була завершенням розробляння головної лінії 2.1. На сьогодні основний напрям розвинення системи — удосконалення безпеки (security) й виправлення інших критичних моментів, зафіксованих в галузі (RELENG_2_1_0). Останньою вважається версія 4.7.
